Integracja programu ESET Smart Security z klientami poczty e-mail zwiększa poziom aktywnej ochrony przed szkodliwym kodem w wiadomościach e-mail. Jeśli dany klient poczty e-mail jest obsługiwany, integrację można włączyć w programie ESET Smart Security. Po włączeniu integracji elementy sterujące programu ESET Smart Security są bezpośrednio instalowane w kliencie poczty e-mail, zapewniając skuteczniejszą ochronę komunikacji za pośrednictwem poczty e-mail. Dostęp do ustawień integracji można uzyskać, klikając kolejno opcje Ustawienia > Otwórz całe drzewo ustawień zaawansowanych... > Różne > Integracja z klientami poczty. To okno dialogowe umożliwia włączenie integracji z obsługiwanymi klientami poczty e-mail. Obsługiwane obecnie programy poczty e-mail to między innymi programy Microsoft Outlook, Outlook Express i Windows Mail.
Ochronę poczty e-mail można uruchomić, zaznaczając odpowiednie pole wyboru po kliknięciu kolejno opcji Ustawienia zaawansowane > gałęzi Antywirus i antyspyware > podmenu Ochrona poczty e-mail.