Głównym zadaniem kwarantanny jest bezpieczne przechowywanie zainfekowanych plików. Pliki należy poddawać kwarantannie w przypadku, gdy nie można ich wyczyścić, gdy ich usunięcie nie jest bezpieczne lub zalecane oraz w przypadku gdy nie powinny one być wykrywane przez ochronę antywirusową.
Użytkownik może poddawać kwarantannie dowolne pliki. Takie działanie jest zalecane, jeśli plik zachowuje się w podejrzany sposób, ale nie jest wykrywany przez skaner antywirusowy. Pliki poddane kwarantannie można przesyłać do analizy w laboratorium firmy ESET.

Pliki przechowywane w folderze kwarantanny mogą być wyświetlane w tabeli zawierającej datę i godzinę przeniesienia do kwarantanny, ścieżkę do pierwotnej lokalizacji zainfekowanego pliku, rozmiar pliku w bajtach, powód (dodane przez użytkownika…) oraz liczbę zagrożeń (na przykład jeśli plik jest archiwum zawierającym wiele zagrożeń).