W ramach podejmowanych środków bezpieczeństwa program ESET Smart Security sprawdza pocztę e-mail. W związku z tym musi on być zintegrowany z klientem poczty. Aby włączyć okno integracji, należy kliknąć menu Ustawienia, kliknąć opcję Otwórz całe drzewo ustawień zaawansowanych i wybrać opcję Integracja z klientami poczty. Obecna wersja programu obsługuje następujące aplikacje: Microsoft Outlook, Outlook Express oraz Windows Mail. Aby zapewnić integrację programu ESET Smart Security z klientem poczty e-mail (czyli sprawdzanie poczty pod kątem wirusów), należy zaznaczyć odpowiednie pola wyboru w oknie ustawień integracji.
Warto zaznaczyć opcję Wyłącz sprawdzanie nieprzeczytanych wiadomości przy uruchamianiu klienta poczty, aby nieprzeczytane wiadomości były sprawdzane dopiero w chwili ich odczytywania.